O papel principal dos zoológicos é promover um ambiente adequado aos indivíduos que não têm condições de permanecer na natureza, especialmente as espécies ameaçadas de extinção. Em função disso, a FJZB participa de programas de conservação nacionais e internacionais, com o objetivo de realizar o manejo cooperativo da população em diversas Instituições, para a manutenção e a reprodução de espécies ameaçadas.

Os dados dos programas de conservação permitem acompanhar os resultados de ações e iniciativas do Zoológico de Brasília com espécies ameaçadas de extinção.